《2015高通量測(cè)序?qū)ｎ}培訓(xùn)：進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建.pdf》由會(huì)員分享，可在線(xiàn)閱讀，更多相關(guān)《2015高通量測(cè)序?qū)ｎ}培訓(xùn)：進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建.pdf（32頁(yè)珍藏版）》請(qǐng)?jiān)趨R文網(wǎng)上搜索。

1、 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建上機(jī)操作指導(dǎo) 中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院 系統(tǒng)生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 王振，PhD 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 下載 ClustalX http:/www.clustal.org/download/current/選擇選擇 windows版本版本(.msi)蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 導(dǎo)入序列文件 FASTA 格式格式 序列名稱(chēng)序列名稱(chēng) 序列序列 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 序列比對(duì) Do complete alignment 保守性信號(hào)值保守性信號(hào)值 蘇州貝斯派生物科技有限公司

2、 Base pair 導(dǎo)出比對(duì)文件 Clustal格式格式 FASTA格式格式 Phylip格式格式 Nexus格式格式 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 導(dǎo)出比對(duì)圖形 Write alignment as Postscript 可以用可以用Adobe Illustrator等工具編輯等工具編輯 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 命令行界面的clustalw 不建議用clustal畫(huà)進(jìn)化樹(shù) 交互式運(yùn)行方式交互式運(yùn)行方式 參數(shù)行運(yùn)行方式參數(shù)行運(yùn)行方式 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 下載MEGA http:/ Base pair 導(dǎo)入比對(duì)文件 可直接打

3、開(kāi)比對(duì)后的可直接打開(kāi)比對(duì)后的 fasta文件（后綴必須文件（后綴必須為為.fasta）,選擇選擇Analysis 選擇數(shù)據(jù)類(lèi)型（核酸或蛋白？）選擇數(shù)據(jù)類(lèi)型（核酸或蛋白？）蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 文件格式轉(zhuǎn)換 Convert File format to MEGA 手工刪除手工刪除clustal.aln文件轉(zhuǎn)化后的后兩行！文件轉(zhuǎn)化后的后兩行！#*:蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair MEGA 5中的序列比對(duì)功能 打開(kāi)比對(duì)前的打開(kāi)比對(duì)前的 fasta文件（后綴必須為文件（后綴必須為.fasta），），選擇選擇Align 選擇選擇Clustalw或或MUSCLE比

4、對(duì)，導(dǎo)出比對(duì)后的文件比對(duì)，導(dǎo)出比對(duì)后的文件 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) 選擇構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的方法選擇構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的方法 檢驗(yàn)進(jìn)化樹(shù)檢驗(yàn)進(jìn)化樹(shù) 選擇進(jìn)化模型選擇進(jìn)化模型 對(duì)空格的處理對(duì)空格的處理 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 自動(dòng)化選擇模型 用似然法用似然法(ML)尋找最優(yōu)模型尋找最優(yōu)模型 BIC值最小為最優(yōu)值最小為最優(yōu) 注意表后對(duì)模型的解釋注意表后對(duì)模型的解釋 基于此最優(yōu)模型構(gòu)建基于此最優(yōu)模型構(gòu)建 ML樹(shù)樹(shù) 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 用NJ法和 ML法建樹(shù) 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 改變樹(shù)的形式 注意比較形

5、式不同的樹(shù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)是否相同 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 標(biāo)記樹(shù)的分支和節(jié)點(diǎn) Selected Subtree 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 保存樹(shù) Export as Newick format Save as PDF file 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 下載 Phylip http:/evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 程序包和文檔 完整地構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)可能需要聯(lián)合使用多個(gè)程序 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pai

6、r 輸入文件 Phylip格式格式 調(diào)用調(diào)用proml.exe對(duì)蛋白質(zhì)序列做對(duì)蛋白質(zhì)序列做 ML樹(shù)樹(shù) Phylip默認(rèn)輸入序列文件名默認(rèn)輸入序列文件名infile,必必須與須與proml.exe位于同一目錄下位于同一目錄下 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 建樹(shù)的參數(shù)選擇 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 輸出文件 Newick格式樹(shù)，文件名默認(rèn)為格式樹(shù)，文件名默認(rèn)為outtree 可以用可以用Treeview或或MEGA打開(kāi)編輯打開(kāi)編輯(加擴(kuò)加擴(kuò)展名展名.nwk)運(yùn)行結(jié)果，文件名默認(rèn)為運(yùn)行結(jié)果，文件名默認(rèn)為outfile 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pa

7、ir Bootstrap數(shù)據(jù)集 用用seqboot產(chǎn)生產(chǎn)生bootstrap數(shù)據(jù)集數(shù)據(jù)集 在在proml中指定中指定 M參數(shù)對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集建樹(shù)參數(shù)對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集建樹(shù) 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair Bootstrap一致樹(shù) 在聯(lián)合 Phylip程序時(shí)，注意及時(shí)更改輸入輸出文件的名稱(chēng) 用用consense產(chǎn)生一致樹(shù)產(chǎn)生一致樹(shù) 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 流程化Phylip（以構(gòu)建NJ一致樹(shù)為例）#On linux System#求進(jìn)化距離（輸出dist.out文件）cp globin.phy infile echo e“Yn”|protdist mv outfil

8、e dist.out rm infile#用NJ法建樹(shù)（輸出tree.out文件）cp dist.out infile echo e“Yn”|neighbor mv outfile tree.out rm infile outtree#用NJ法構(gòu)建一致樹(shù)（輸出consensetree.out文件）cp test.phy infile echo e“Yn1n”|seqboot mv outfile infile echo e“MnDn100nYn”|protdist mv outfile infile echo e“Mn100n1nYn”|neighbor mv outtree intree r

9、m infile outfile echo e“Yn”|consense mv outfile consensetree.out rm intree outtree 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 下載MrBayes http:/ 運(yùn)行可執(zhí)行文件運(yùn)行可執(zhí)行文件 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 導(dǎo)入比對(duì)序列 Nexus格式格式 MrBayes命令提示符命令提示符 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 設(shè)置模型參數(shù) MrBayesshowmodel Mrbayeshelp prset MrBayesprset Aamodelpr=fix(dayhoff)M

10、rBayeshelp lset MrBayeslset Rates=Gamma MrBayesshowmodel 當(dāng)前模型參數(shù)當(dāng)前模型參數(shù) 設(shè)置先驗(yàn)概率設(shè)置先驗(yàn)概率 設(shè)置似然函數(shù)結(jié)構(gòu)設(shè)置似然函數(shù)結(jié)構(gòu) 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 運(yùn)行MCMC Mrbayes通過(guò)并行兩次(Nruns=2)MCMC判斷結(jié)果的收斂性。兩次抽樣的參數(shù)和樹(shù)分別保存在文件.p和.t中。MrBayesmcmc ngen=10000 samplefreq=10 MCMC迭代迭代10000次，每次，每10次抽一個(gè)樣本，共次抽一個(gè)樣本，共1000個(gè)樣本個(gè)樣本 經(jīng)驗(yàn)規(guī)則：若經(jīng)驗(yàn)規(guī)則：若standard devia

11、tion of split frequencies sump burnin=250 MrBayessumt burnin=250 統(tǒng)計(jì)參數(shù)統(tǒng)計(jì)參數(shù) 統(tǒng)計(jì)樹(shù)統(tǒng)計(jì)樹(shù) 經(jīng)驗(yàn)規(guī)則：設(shè)置經(jīng)驗(yàn)規(guī)則：設(shè)置burnin去掉前去掉前25%的樣本的樣本 分支的后驗(yàn)概率值分支的后驗(yàn)概率值 Newick格式的一致樹(shù)可以在文件.con中找到。蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 批量運(yùn)行模式 begin mrbayes;set autoclose=yes nowarn=yes;execute globin.nxs;prset Aamodelpr=fix(dayhoff);lset Rates=Gamma;mc

12、mc ngen=10000 samplefreq=10;sump burnin=250;sumt burnin=250;execute primates.nex;lset nst=6 rates=gamma;mcmc ngen=10000 samplefreq=10;sump burnin=250;sumt burnin=250;end;編輯編輯Nexus格式的批處理文件格式的批處理文件batch.nex MrBayesexecute batch.nex 執(zhí)行批處理執(zhí)行批處理 蘇州貝斯派生物科技有限公司 Base pair 軟件總結(jié) 多重比對(duì)多重比對(duì) 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建 圖形界面圖形界面 命令行命令行 ClustalW/X Yes Limited Yes Yes MEGA 5 Yes Yes(ML,NJ,MP)Yes No Phylip No Yes(ML,NJ,MP)No Yes MrBayes No Yes(Bayes)No Yes