《Blast本地化詳細(xì)作業(yè)流程.doc》由會(huì)員分享，可在線閱讀，更多相關(guān)《Blast本地化詳細(xì)作業(yè)流程.doc（9頁(yè)珍藏版）》請(qǐng)?jiān)趨R文網(wǎng)上搜索。

1、Blast 2.4.0+當(dāng)?shù)鼗唧w步驟（基于Windows系統(tǒng)）1. 程序取得。從NCBI上下載Blast當(dāng)?shù)鼗绦?，下載地址： ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/64安裝版64解壓（綠色）版最好安裝或解壓到X盤(pán)根目錄：如X:blast，盡可能簡(jiǎn)短，方便后邊命令輸入。2. 原始序列取得。方法1：找到轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)unigene數(shù)據(jù)庫(kù)文件：unigene.fasta或unigene.fa，若為unigene.fa則直接改后綴為.fasta即可。找到或修改后將數(shù)據(jù)庫(kù)文件移動(dòng)至Blast當(dāng)?shù)鼗绦蚰夸洝癤:blastb

2、in”。方法2：從NCBI中 ftp 庫(kù)下載所需要庫(kù)，鏈ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/，其中nr.gz為非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)，nt.gz為核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，month.nt.gz為最近30天核酸序列數(shù)據(jù)。下載month.nt.gz先用WINRAR解壓縮，然后用makeblastdb.exe格式化。方法3：利用新版blast自帶update_blastdb.pl進(jìn)行下載，這需要安裝perl程序。注釋?zhuān)荷鲜鋈N方法各有優(yōu)缺點(diǎn)，前兩種下載速度較快，不過(guò)每次進(jìn)行檢索全部需要對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行格式化（轉(zhuǎn)化成二進(jìn)制數(shù)據(jù)），第三種方法下載速度較慢，不過(guò)NCBI 中已經(jīng)格式化好

3、，在進(jìn)行當(dāng)?shù)貦z索時(shí)不需再進(jìn)行格式化，直接用即可。3. 用文本編輯器（txt文件更名字及后綴）創(chuàng)建一個(gè)ncbi.ini文件，文件包含下面內(nèi)容：NCBIData=C:blastdata 先新建TXT文件，然后改屬性，將ncbi.ini文件存放到C:Windows 4. 將Blast當(dāng)?shù)鼗绦蚰夸浱砑勇窂街校ㄔ摬襟E非必需，但會(huì)給以后操作帶來(lái)方便），方法：a) 右擊我電腦選擇屬性，選擇高級(jí)，點(diǎn)擊環(huán)境變量，設(shè)置環(huán)境變量b) 系統(tǒng)變量中，選擇Path，點(diǎn)擊“編輯”，在變量值后面添加Blast當(dāng)?shù)鼗绦蛩诼窂?，E:blast 點(diǎn)擊確定，將安裝路徑添加到path。5. 運(yùn)行MS-DOC。打開(kāi)DOC窗口（點(diǎn)擊

4、開(kāi)始，選擇運(yùn)行，打開(kāi)輸入框中輸入“CMD”，確定），訪問(wèn)Blast當(dāng)?shù)鼗绦蛩谖募A，依次輸入：（1）X: 回車(chē)；（2）cd blastbin，回車(chē)。6. 數(shù)據(jù)初始化。下載得到數(shù)據(jù)庫(kù)為fasta格式，需要經(jīng)過(guò)格式轉(zhuǎn)化才能建立當(dāng)?shù)財(cái)?shù)據(jù)庫(kù)。上接第5（2）步，回車(chē)后，輸入格式化數(shù)據(jù)庫(kù)命令：（右鍵可粘貼）makeblastdb.exe in xxx.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot，回車(chē)，在原數(shù)據(jù)庫(kù)文件所在文件夾生成一系列文件，Blast當(dāng)?shù)鼗w系構(gòu)建完成。blast當(dāng)?shù)鼗頱last當(dāng)?shù)鼗笊晌募?shù)注釋?zhuān)?in參數(shù)后面接將要格式化數(shù)據(jù)庫(kù)

5、；-parse_seqids，-hash_index兩個(gè)參數(shù)通常全部帶上，關(guān)鍵是為blastdbcmd取子序列時(shí)使用，-dbtype后接所格式化序列類(lèi)型，核酸用 nucl，蛋白質(zhì)用prot。7. 待比對(duì)文件建立。在blastbin文件夾創(chuàng)建test.txt文件，將需要blast序列以fasta格式存于該文件中，文件名自己命名即可，這里以test為例。建立fasta文件注意事項(xiàng)請(qǐng)查看附件1。若有NCBI上下載好.fasta文件，直接放到blastbin文件夾即可。test.fasta格式文件制作8. 當(dāng)?shù)谺last比對(duì)。上接第6步，在MS-DOS窗口輸入比對(duì)命令：blastn.exe -task

6、 blastn -query test.fasta -db xxx.fasta -out text.txt，稍等片刻，Blast結(jié)果即存于系統(tǒng)自動(dòng)生成out.txt文件中。blastn.exe -task blastn -query RefGene.txt -db Stellera.Unigene.fasta -out RefGene(test).txt -evalue 1e-5 -num_threads 8參數(shù)注釋?zhuān)篵lastn.exe為程序?qū)嵤┟?，程序依?jù)自己需要而blastn，blatp，tblastx；-task后面選擇你所要用程序blastn，blatp，tblastx等；-que

7、ry后接查詢序列文件名稱(chēng)；-db后接格式化好數(shù)據(jù)庫(kù)名稱(chēng)；-out后接輸出文件名稱(chēng)及格式。by malapidan.08.24附件1 FASTA格式說(shuō)明1. 構(gòu)建FASTA格式文件全部TEST序列輸入必需是FASTA格式，所謂FASTA是指DNA 序列第一行開(kāi)始于一個(gè)標(biāo)識(shí)符：，緊接著（沒(méi)有空格）是對(duì)該序列唯一描述（即ID），然后一個(gè)空格，接著是對(duì)該序列描述（也能夠沒(méi)有），從第二行開(kāi)始就是一行行序列，中間空格，換行沒(méi)有影響。為了方便閱讀，每一行序列最好不要超出80個(gè)字母。 下面是FASTA格式示例：Mus_AQP11 mRNA for aquaporin 11, complete cdsGCGGT

8、GAGGGAGCCATGTCCGCGCTACTGGGACTCCGGCCCGAGGTGCAGGACACCTGCATCTCGCTGGGGCTAATGCTGCTGTTCGTGCTGTTCGTGGGGCTGGCCCGCGTGATCGCCCGGCAACAGCTACACAGGCCCGTGGTCCACGCCTTCGTCCTGGAGTTTCTAGCTACCTTCCAGCTCTGCTGCTGCACCCACGAGCTCCAAGTGCTGAGCGAGCAGGACTCTGCGCACCCCACCTGGACTCTGACACTGATCTACTTCTTTTCCTTGGTGCATGGCCTGACCCTGGTGGGCACAGCT

9、AGCAACCCGTGCGGCGTGATGATGCAGATGATTCTGGGGGGTATGTCCCCCGAAATGGGTGCCGTGAGGTTGTTGGCTCAGCTGGTTAGCGCCCTGTGCAGCAGGTACTGCATAAGCGCCCTGTGGAGCCTGAGTCTGACCAAGTACCATTACGACGAAAGGATCTTAGCTTGCAGGAATCCCATCCACACCGACATGTCCAAAGCGATCATCATAGAGGCCATCTGCTCCTTTATTTTCCACAGCGCTCTACTGCACTTCCAGGAGGTCCGAACCAAGCTTCGCATCCACCTGCTGGCT

10、GCACTCATCACCTTTTTGGCCTATGCAGGAGGGAGCCTCACAGGAGCATTGTTTAACCCAGCGCTGGCACTTTCTCTGCACTTTCCGTGCTTTGACGAACTCTTCTATAAGTTTTTTGTAGTATACTGGCTTGCTCCTTCTGTAGGTGTGCTGATGATGATCCTCATGTTCAGTTTTTTCCTTCCATGGCTGCATAACAATCAAATGACTAATAAAAAAGAGTAACCACTCCCAAAGACTCGAACTAAGTCCCAGGACAGTCAAGCTGGATGCGACAATCTGAGCACCCTCCAAACTCTG

11、GACGCCTCCTGCTTCAGCTTTCTCTGTGGAA Mus_AQP12 mRNA for aquaporin 12, complete cdsCCGGGCCCCCCCTCGATTGGCCAAATCGGCCCTCGAGTTAATTAAATTAATCCCCCCCCCCCCCGTTGGGCTGTGGGACCAGCCAGTCTCCCACACGTCACCAGGTCCTTGCTCCTTGTAGAACCCAGACTGATGGCCAGTCTGAATGTGTCCCTCTGTTTCTTTTTTGCTACTTGTGCCATCTGTGAGGTGGCTAGAAGGGCATCTAAAGCCCTGCTTCCAG

12、CAGGTACCTATGCCAGTTTTGCCCGGGGGGCAGTAGGCGCAGCCCAGCTGGCAGCCTGCTGCCTGGAGATGCGAGTGTTGGTGGAGCTTGGCCCCTGGGCAGGGGGCTTCGGACCCGACCTGTTGCTGACCCTGGTCTTCCTGCTTTTCCTGGTACATGGGGTCACCTTCGATGGGGCCTCTGCCAACCCCACCGTGGCCCTGCAGGAGTTCCTCATGGTGGAGGCATCGCTGCCCAACACTCTGCTGAAACTGTCGGCCCAGGTGCTGGGTGCACAGGCTGCCTGTGCCCTGACCCAGC

13、GCTGCTGGGCCTGGGAGCTCAGCGAACTACACTTACTACAGAGCCTCATGGCTGCACACTGCAGCTCAACCCTGCGTACATCCGTGCTGCAGGGCATGCTCGTGGAGGGTGCCTGCACCTTCTTCTTCCATCTGAGCCTCCTCCACCTGCAGCACAGCCTTCTTGTCTACAGGGTGCCTGCCCTGGCCCTGCTGGTCACTCTCATGGCCTACACAGCAGGGCCCTACACATCTGCCTTCTTCAATCCTGCCCTGGCTGCCTCTGTCACATTCCACTGCCCTGGGAACACCTTGCTGGAGT

14、ATGCCCACGTGTACTGCCTGGGTCCTGTCGCAGGGATGATCCTGGCTGTCCTCCTCCATCAGGGCCACCTTCCCCGCCTTTTCCAGAGAAATCTGTTCTACCGGCAGAAAAGCAAATACCGAACTCCCAGGGGGAAGCTGTCCCCAGGTTCTGTGGACGCCAAGATGCACAAAGGGGAGTAGTGGCAAAGGGCCGTGCCCTACAGGTGCCAGGGCAGCAGCCACTGGGGTCCAGCTGCGCTGTCTCACTCACCGCAGCTTCACTCGCCTCCTGAGAGGTCTGGTCTCCCTGCCACAAAAT

15、CATTTGCCAATAAACCACTGTTAAGATCAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTCGGCCATAAGGGCCATAGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATTTCCGAGCTTGGCGTAATCA2. 從NCBI下載FASTA格式核酸序列。當(dāng)我們?cè)贜CBI上搜索到目標(biāo)基因以后，會(huì)出現(xiàn)以下圖所表示界面，圖中紅色方框內(nèi)鏈接均能夠點(diǎn)擊而且會(huì)出現(xiàn)圖中紅色長(zhǎng)箭頭所指下拉菜單，點(diǎn)擊紅色小箭頭所指鏈接即可取得對(duì)應(yīng)FASTA格式序列。以圖中基因?yàn)槔?點(diǎn)擊NC_000014.8以后將取得該基因基因組DNA序列（未剪接），點(diǎn)擊 NM_021257.3 以后將取得該基因剪接以后mRNA序列，點(diǎn)擊 NP_067080.1 將取得該基因?qū)?yīng)蛋白質(zhì)序列。BLAST+當(dāng)?shù)鼗l(fā)表于3月23日由chenwen 1、從NCBI下載對(duì)應(yīng)系統(tǒng)BLAST+程序NCBI推薦使用BLAST+，老版本BLAST已經(jīng)停止更新！BLAST+和BLAST相比，有很多改善和提升。BLAST+：ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/老版本BLAST：ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST/2、解壓，將程序路徑添加到環(huán)境變量我系